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Phylogeography of the Scaled Quail in the American Southwest

Damon Williford, Randy W. DeYoung, Rodney L. Honeycutt, Leonard A. Brennan, Fidel Hernández


We used sequences from the mitochondrial control region to examine the phylogeography and historical demography of the Scaled Quail and to determine whether the geographic distributions of mtDNA genealogy were concordant with the distribution of the subspecies. Overall, the Scaled Quail exhibited lower haplotype and nucleotide diversity than other quail species. The highest levels of haplotype diversity were found in 3 Texas counties: Dimmit, La Salle, and Hudspeth. The Scaled Quail exhibited no phylogeographic structure among its 16 haplotypes, and the patterns of genetic variation were not congruent with potential geographic barriers or current subspecies taxonomy. The geographic distribution of haplotypes and partitioning of molecular variation suggested slight genetic differentiation between the chestnut-bellied subspecies of Scaled Quail and the 3 western subspecies. The low levels of genetic diversity and the evidence of demographic expansion suggest that the Scaled Quail has undergone population and range expansion from a Pleistocene refugium. The greater genetic diversity within the Chestnut-bellied Quail may indicate the geographic location of the refugium.


En este estudio se utilizaron secuencias de mitocondrias de control regional para examinar la filogeografía y la demografía histórica de la codorniz escamosa para determinar si las distribuciones geográficas de la genealogía ADN mitocondrial eran concordantes con la distribución de las subespecies. En general, la codorniz escamosa mostró menores haplotipos y diversidad de nucleótidos que otras especies de codornices. Los niveles más altos de diversidad de haplotipos se encontraron en tres condados de Texas: Dimmit, La Salle, y Hudspeth. La codorniz escamosa no mostró estructura filo-geográfica entre sus 16 haplotipos y los patrones de variación genética no fueron congruentes con las posibles barreras geográficas o con la taxonomía de subespecies actuales. La distribución geográfica de los haplotipos y la partición de la variación molecular sugiere una ligera diferenciación genética entre las subespecies de codorniz escamosa de vientre castaño y las 3 subespecies occidentales. Los bajos niveles de diversidad genética y la evidencia de la expansión demográfica sugieren que la codorniz escamosa ha experimentado una expansión tanto de su población como de su rango que provienen de un refugio del Pleistoceno. La mayor diversidad genética en la codorniz escamosa de vientre castaño posiblemente indique que la distribución de esta subespecie sea la ubicación geográfica del refugio.


scaled quail; mitochondrial DNA; phylogeography; population structure

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